1872年加拿大籍馬偕(George Leslie Mackay)宣教士從淡水登陸，將基督福音帶進北台灣。淡江教會很榮幸能在北台灣福音發源地，與眾教會一同宣揚十架救恩、建立合神心意的教會、承接宣教復興的棒子。

   2001年9月底，淡江教會設立於淡水老街(中正路57號2樓)，從零開始拓荒。

   教會由黃國倫、松慕強、莊育銘等傳道人帶領，至2005年9月(4週年)因人數增長搬遷至鄰近淡水捷運站的淡水堂現址 : 新北市淡水區學府路36號–鄞山寺文化大樓。

   2010年9月(9週年)由莊育銘接任黃國倫擔任主任牧師，帶領教會繼續投入社區事工、福音節慶、門徒建造。

   2012年12月19日(11週年)教會於淡海新市鎮購地，準備建造淡海堂，淡江教會開始進入2.0計畫。

   2016年3月11號開始啟動為期7年的台灣接棒行走禱告運動，每年3月11號由台灣北部福音登陸地淡水出發，步行禱告一個月，隨走隨傳福音、連結眾教會，終點站為台灣南部福音登陸地高雄旗津，帶領教會走出舒適圈，認識上帝在台灣各地的心意與作為。

   2016年9月25日(15週年)於台北海洋技術學院舉行感恩禮拜暨淡海堂開工典禮，並於2017年2月20日淡海堂開始動土興建。

   2017年2月3日開始於淡江教會國度影音Youtube頻道錄製播出【每日研經釋義】節目，逐卷逐章逐節講解聖經，歷時五年整，節目深受全球華人教會界喜愛，幫助基督徒養成每日讀經靈修的好習慣。

  2022年5月21日【淡江教會淡海堂】舉行獻堂感恩禮拜【十年磨一建】，完成淡江教會2.0計畫。淡海堂地址 : 新北市淡水區崁頂五路155號。

莊育銘主任牧師再次領受淡江教會3.0計畫【全台十年拓植20個分堂點】的異象。

  2022年9月25日【淡江教會桃園堂】獻堂禮拜，桃園堂地址 : 桃園市春日路656號2樓。駐堂牧師為楊明玲牧師。

  2023年4月23日【淡江教會-高雄福音中心】成立，高雄福音中心地址 : 高雄市三民區博愛一路379號1樓。

  2023年9月【淡江教會-澎湖靈修中心】啟用。

  2023年10月【淡江教會-台北市文山教育中心】成立，台北市文山區保儀路129號9樓。(伯大尼兒少家園)

  2023年12月【淡江教會-八里福音中心】成立，八里福音中心地址 : 新北市八里區文昌路55號。

  2023年12月【淡江教會-花蓮教育中心】成立，花蓮教育中心地址 : 花蓮市國民一街38號3樓

  2023年12月【淡江教會-澎湖教育中心】成立，澎湖縣馬公市永安街31號B1。2024年4月15號轉型為【淡江教會澎湖福音中心】

  2024年1月1日【淡江教會-高雄堂】成立，2024年4月7日獻堂禮拜，高雄堂地址 : 高雄市凱旋一路160號【凱旋青樹社會住宅】1樓。駐堂牧師為鄭惠美牧師。

  2024年3月【淡江教會-台北市中山教育中心】成立，台北市中山區雙城街1號17樓（雅樂軒酒店內）

  2024年3月派遣五支短宣隊，開始預備淡江4.0計畫【參與全球海外宣教運動】。

  2024年9月【淡江教會-苗栗福音中心】成立，苗栗縣苑裡鎮山柑里山柑83-2號。